Elle est réalisée sous anesthésie générale ; un bilan sanguin est demandé au préalable pour vérifier la coagulation. Les petits polypes de moins de 1 cm sont facilement retirés à l'aide d'une anse ou d'une pince. Pour les polypes plus volumineux, une mucosectomie ou une dissection sous-muqueuse seront réalisées.
La mucosectomie consiste à soulever la totalité de la lésion par injection sous-muqueuse de sérum salé et de bleu, puis à la capturer par une anse diathermique qui permet de couper le polype à l'aide d'un courant.
La dissection sous-muqueuse est une technique longue et délicate, réalisée dans des centres experts. Elle se déroule en plusieurs étapes : marquage par électrocoagulation en marge saine, injection sous-muqueuse pour décoller la lésion, incision sous-muqueuse sur toute la circonférence à l'aide d'un bistouri spécifique, puis dissection progressive de la lésion dans les plans profonds de la paroi.
