Il faut être à jeun strict dans les 6 heures précédant l'examen (ni manger, ni fumer).

La FOGD est réalisée sous anesthésie locale ou générale pour améliorer la tolérance de l'examen. On introduit un appareil souple par la bouche ; de l'air est insufflé pour déplisser les parois, ce qui peut occasionner des rejets d'air. Des prélèvements sont réalisés si le médecin le juge nécessaire.

Entre chaque patient, l'endoscope est désinfecté. Aucun cas de transmission virale (hépatite B, hépatite C, VIH) n'a été détecté lorsque les conditions de stérilisation en vigueur sont respectées.

En dehors des complications propres à l'anesthésie, les complications de la fibroscopie œso-gastro-duodénale sont très exceptionnelles et peuvent survenir même lorsque l'examen est conduit dans des conditions de compétence et de sécurité conformes aux données actuelles de la science. Ce sont en particulier la perforation, l'hémorragie, les troubles cardio-vasculaires et respiratoires, et l'infection.